Saat menggunakan peptida, kita sering menjumpai indikator kemurnian peptida dan kandungan peptida. Banyak orang mungkin bertanya-tanya mengapa kemurnian peptidanya 95% padahal kandungan peptidanya hanya 80%. Ini karena ini adalah dua konsep yang sangat berbeda.
Kemurnian Peptida: Kemurnian peptida mengacu pada jumlah peptida target yang terdeteksi pada 214 nm (214 nm adalah panjang gelombang serapan rantai peptida) menggunakan analisis HPLC.
Kandungan Peptida: Ini merujuk pada persentase peptida relatif terhadap zat non-peptida dalam sampel.
Kemurnian peptida mengacu pada kandungan peptida target yang terdeteksi oleh HPLC pada 214 nm (214 nm adalah panjang gelombang serapan rantai peptida). Selain peptida target, HPLC dapat mendeteksi pengotor termasuk: sekuens yang terhapus (sekuens target kehilangan satu atau lebih residu asam amino), sekuens terpotong (sekuens yang dihasilkan selama perlindungan), dan sekuens yang terdeproteksi secara tidak lengkap (mengakibatkan proses sintesis atau proses pembelahan akhir). Namun, HPLC tidak dapat mendeteksi air dan sisa garam seperti trifluoroacetate (TFA) dan asetat. Selama sintesis peptida, urutan peptida dibelah dari resin menggunakan TFA, dan sejumlah kecil TFA juga dihasilkan selama pemurnian. Oleh karena itu, ujung amino bebas dan rantai samping peptida lainnya, seperti Arg, Lys, dan His, dapat menghasilkan sejumlah kecil pengotor TFA. Masalah lainnya adalah kelembapan. Peptida biasanya mengalami dehidrasi menggunakan liofilisasi, namun demikian, air akan ada pada tingkat yang berbeda-beda tergantung pada kapasitas pengikatan kovalen. Oleh karena itu, peptida yang dikirimkan biasanya mengandung garam TFA dan sedikit air, yang tidak dapat dideteksi oleh HPLC, sehingga menyebabkan perbedaan dalam kandungan dan kemurnian peptida.
